2007年9月26日，在拜仁慕尼黑以五比零战胜科特布斯的德甲联赛中，克罗斯在第七十二分钟替换泽·罗伯托登场，以十七岁又二百六十五天的年龄，创造了拜仁慕尼黑最年轻的球员联赛出场纪录。同时克罗斯在这场比赛中以两个助攻帮助拜仁完成了两粒进球。2007年10月4日在欧洲联盟杯拜仁客场对阵比兰伦斯的比赛中，克罗斯在第八十一分钟替换巴斯蒂安·施魏因施泰格上场，完成了自己的欧洲赛事首秀。2007年10月25日在联盟杯拜仁对阵贝尔格莱德红星的比赛中，克罗斯完成首个职业入球，并帮助拜仁以三比二逆转对手。2007年11月10日在拜仁客场对阵斯图加特的德甲比赛，克罗斯获得了首个首发出场的机会。

2008年1月18日克罗斯在度过十八岁生日不久便与拜仁续约，正式得到一份为期四年、有效日期到2012年6月30日的职业合同。

2008-2009赛季的冬歇期，克罗斯为了取得更多的上场机会，被租借到勒沃库森足球俱乐部，为期一年半。2009年12月19日在勒沃库森三比二战胜门兴格拉德巴赫的比赛中，克罗斯第一次在德甲联赛中梅开二度，帮助球队取得德甲冬歇期冠军。2009年12月及2010年1月克罗斯连续被德国足球杂志《踢球者》评选为当月最佳球员;还连续三周当选《踢球者》评选的单轮最佳，成为德甲历史上第一位荣获该项殊荣的球员。

2010年6月30日克罗斯租借到期回归拜仁慕尼黑，在一年半的租借期间，克罗斯从替补成为了拜仁不可或缺的主力，其技术与自信心的得到明显的提升。2011年09月15日欧洲冠军联赛A组首轮拜仁客场二比零力挫比利亚雷亚尔的比赛中，克罗斯接到队友弗兰克·里贝里助攻，攻入一球，其后又助攻队友马西奥·拉斐尔得分。

2013年4月3日克罗斯在拜仁二比零击败尤文图斯的欧冠比赛中受伤，赛后经诊断为左大腿内收肌两条肌肉纤维束撕裂，将无缘2012-2013赛季接下来的比赛。在整个2012-2013赛季中，克罗斯在欧冠联赛中打入三粒进球；而德甲联赛中，克罗斯也是打入了六粒进球，并贡献了八次助攻，从而帮助拜仁慕尼黑一举夺下2012-2013赛季的德甲联赛、欧洲冠军联赛、德国杯和欧洲超级杯四座冠军。

2013年7月15日拜仁慕尼黑按照过去与克罗斯母队罗斯托克达成的协议，双方进行了一场热身赛。此役克罗斯得到了首发，还在对阵旧主的比赛中第一次佩戴上了拜仁慕尼黑的队长袖标。

2013-2014赛季，克罗斯为拜仁慕尼黑共出场二十七次，攻入两粒进球，同时帮助拜仁蝉联了德甲联赛和德国杯的冠军。