1998年曼城因成绩不佳首次降级至第三级联赛，1999年温布利大球场进行过的最激烈的比赛之一，曼城通过罚点球在英乙联赛晋级附加赛中击败吉林汉姆，成功晋级。

2000年曼城通过连续两次晋级，重新回到英超联赛，通过一场在布莱克本伊伍德公园球场四比一的胜利确保了曼城的的晋级，但在2001年升上至英超的首个季，曼城因成绩排后在赛季结束后立即降回英格兰甲组联赛。

自从曼城于2002年升上英超联后，球队成绩飘忽不定，球会亦先后易帅数次，当中包括了凯文·基冈、斯图尔特·皮尔斯及斯文·约兰·埃里克松。2007年7月6日前泰国首相他信·西那瓦以八千六百万英镑收购曼城，成为球会的新老板。自他信·西那瓦入主后，曼城便大洒金钱于收购球员上，分别罗致埃拉诺、马丁·彼得罗夫、本贾尼·姆瓦鲁瓦里、迈克尔·波尔等球星，同时亦卖走了多名球员，为球会进行了大改革重建。虽然曼城在2007-08赛季的上半季成绩甚佳，但到了下半季却无以为继，最终只得超联第九位，仅凭公平竞技奖获得欧洲足协杯一席位，而主帅斯文·约兰·埃里克松亦被辞退，由前布莱克本流浪者主帅马克·休斯继任。

然而他信·西那瓦一直受到泰国贪污案缠绕，并需一度流亡海外，最终于2008年8月辞退了球会班主一职。虽然如此，曼城并未受到财政问题影响，因为在他信·钦那瓦离任后紧接下来，一家阿拉伯投资公司阿布扎比集团随即收购了曼城，令球会拥有更庞大资金。曼城亦在该投资公司加盟后首天，亦即成转会期最后一天成功抢截切尔西，罗致得罗比尼奥的加盟，这次转会费高达三千二百五十万镑，更是打破了英格兰的转会费纪录；另外曼城也从切尔西签得塔尔·本哈伊姆及回巢的赖特·菲利浦斯，通过招兵买马来强化球队。但在2008-09年球季曼城的成绩与联赛排名不相乎，曼城最终只以令人失望的第十名完成这个赛季的英超联赛，球迷更开始怀疑领队休斯的领军能力。

2009-10赛季有大财团注资的曼城在转会市场重开后继续其大肆收购，用了超过一亿英镑分别买入维拉队长加雷斯·巴里及纽卡斯尔门将谢伊·吉文，布莱克本前锋罗克·圣克鲁斯，埃弗顿后防乔莱昂·莱斯科特，自由身的西尔维奥·儒尼奥尔。在2009-10赛季第一场赛事，曼城轻松以二比零作客胜布莱克本，更在季中的友谊赛中一比零击败应届欧联冠军巴塞罗那。但在赛季中期，由于马克·休斯带领球队战绩不佳，球队将其解聘，罗伯托·曼奇尼开始执掌曼城教鞭，2009-10赛季末期由于与热刺的联赛对决中惜败，曼城最终获得第五名的成绩。

2009-10赛季有大财团注资的曼城在转会市场重开后继续其大肆收购，用了超过一亿英镑分别买入维拉队长加雷斯·巴里及纽卡斯尔门将谢伊·吉文，布莱克本前锋罗克·圣克鲁斯，埃弗顿后防乔莱昂·莱斯科特，自由身的西尔维奥·儒尼奥尔。

在2009-10赛季第一场赛事，曼城轻松以二比零作客胜布莱克本，更在季中的友谊赛中一比零击败应届欧联冠军巴塞罗那，但在赛季中期，由于马克·休斯带领球队战绩不佳，球队将其解聘，罗伯托·曼奇尼开始执掌曼城教鞭。