穆里尼奥十七岁踢上职业足球，司职后卫，加盟的第一家俱乐部叫做里奥艾维队，踢了两年以后加盟比兰伦斯队，随后又加盟了塞辛布拉和科莫西奥工商队，但都是葡萄牙低级别联赛球队，没有取得成功，在二十四岁时穆里尼奥就宣布退役，之后就投身到教练事业中去。

1990年穆里尼奥开始在葡萄牙阿马多拉足球俱乐部以及塞图巴尔足球俱乐部担任助理教教，由于精通八国语言，1992年穆里尼奥在波尔图俱乐部担任博比·罗布森的翻译，1996年又跟随罗布森前往西班牙巴塞罗那队，兼任助教，在博比-罗布森离开巴萨后，穆里尼奥继续担任新帅范加尔的助教直到范加尔下课，在巴萨期间，穆里尼奥学习了大量足球知识和先进战术理念，为日后的教练生涯打下了坚实的基础。

2000年9月穆里尼奥正式成为主教练，接替海因克斯担任葡萄牙豪门本菲卡足球俱乐部主教练一职，但仅仅执教本菲卡九场联赛后，穆帅便与新任主席和董事会不和而辞职。随后穆里尼奥接手小球会利亚拿足球俱乐部的教鞭，并帮助该队历史性的获得联赛第五名的成绩。

2002年1月23日穆里尼奥担任波尔图足球俱乐部主教练，第一赛季穆里尼奥就带领波尔图夺得葡萄牙足球超级联赛冠军、葡萄牙杯冠军和欧洲联盟杯冠军。

第二年波尔图蝉联联赛冠军，2003/2004赛季欧洲冠军联赛，八分之一决赛，穆里尼奥带领波尔图两回合三比二战胜曼联晋级，半决赛两回合波尔图一比零战胜拉科鲁尼亚挺近决赛，2004年5月27日欧冠决赛，波尔图三比零完胜摩纳哥队夺得冠军，也是波尔图俱乐部历史上第二座欧冠冠军。

2004年6月2日穆里尼奥正式正式就任英超球队切尔西足球俱乐部主教练，当时英超联赛中以曼联和阿森纳两队最为强势，穆里尼奥一上任就扭转局面，2004/05赛季首场联赛切尔西即以一比零战胜曼联，更在当季带领切尔西赢得英超冠军，这也是切尔西时隔五十年再度赢得联赛冠军，成功打破由曼联和阿森纳长时间垄断英超的局面，并以三十八战二十九胜八和一负得九十五分及全季只失十五球，创出英格兰顶级联赛冠军的最高得分纪录，及英格兰顶级联赛失球最少记录，该赛季欧冠半决赛切尔西零比一不敌利物浦，遗憾止步决赛。

2005/06赛季穆里尼奥更率领切尔西在联赛首两个月就抛离其他英超对手，第三十七轮切尔西主场三比零完胜曼联，从而提前提前两轮夺得英超冠军，穆里尼奥完成了英超两连冠，超越温格从未在英超卫冕冠军的历史，穆里尼奥也当选英超赛季最佳教练，自此英国各界常以他与曼联主教练弗格森相比。在欧冠赛场八分之一决赛，切尔西两回合二比三不敌巴塞罗那，无缘八强。