2002-03赛季拜仁获得了球队历史上的第四个联赛和德国杯双冠王，领先第二名二十六分的成绩也创造了德甲联赛的历史，希斯菲尔德的王朝在2004年终结，该年拜仁的表现令人失望，并且在德国杯赛也负于乙级球队亚琛足球俱乐部而止步不前，之后菲利克斯·马加特接过了球队的教鞭，并带领拜仁获得了两个联赛和德国杯赛双冠王。

在2005-06赛季开始之初，拜仁的主场由原来的奥林匹克体育场搬迁至了新的安联竞技场，新的球场同样是与同城对手慕尼黑1860足球俱乐部共同拥有。拜仁在2006-07赛季的表现并不稳定，联赛表现不佳并且在德国杯赛再次输给了亚琛，马加特也在冬歇期过后不久离开了帅位。

2007年1月奥特马·希斯菲尔德重返球队，但拜仁在2006-07赛季最终仅仅获得了第四名的成绩，十年来首次无缘欧冠比赛，并且在其他战线一无所获。在2007-08赛季赛季开始前，拜仁对球队的阵容进行了大刀阔斧的改造和重建。球队一共签下了八名球员并且出售、解雇或者外借了九名球员。其中最重要的引援是从佛罗伦萨引进卢卡·托尼、从云达不莱梅足球俱乐部引进米罗斯拉夫·克洛泽以及从马赛引进了弗兰克·里贝里。新的引援成功奏效，他们再次获得了2008年的双冠王，并从联赛开始起就一直占据榜首位置。

2008年1月11日克林斯曼以希斯菲尔德继任者的身份与拜仁慕尼黑签约，他从2008年7月1日起主管球队。拜仁在2008-09赛季迎来了一个糟糕的开局，前六轮比赛中只胜两场，但之后稳步改进，在德国杯的四分之一决赛拜仁被勒沃库森击败；在欧洲冠军杯中，拜仁也在总比分十二比一击败了里斯本竞技足球俱乐部并创造了欧冠淘汰赛最悬殊比分记录后，被巴塞罗那以五比一淘汰出局，4月27日也是主场败给沙尔克04并滑落至联赛第三后，克林斯曼被迫下课，前来取代他的是老帅尤普·海因克斯，他的任期一直到赛季结束。

球队最终获得了联赛第二名，顺利晋级下一赛季的欧洲冠军联赛，2009-10赛季拜仁聘请了荷兰名帅范加尔，并从皇家马德里引进了荷兰小飞侠罗本。在2009-10赛季，拜仁虽开局不佳，不过在上半程后期状态明显回升，最终在冬歇期时获得第三。在第33周联赛中，拜仁以三比一击败波鸿，提早一周夺得联赛冠军。而在当赛季的欧冠中，拜仁小组赛中获得第二，并在淘汰赛中淘汰了佛罗伦萨，曼联，里昂并与国际米兰会师决赛，最终以零比二不敌国际米兰获得亚军。

这个赛季拜仁也在德国杯中问鼎，焕然一新的拜仁本赛季与三冠王檫肩而过。2011-2012赛季欧洲冠军联赛，拜仁慕尼黑在主场迎战切尔西，鏖战一百二十分钟一比一平局收场，只能进入残酷的点球大战，最终以总比分四比五惜败，夺得2011-2012赛季欧洲冠军联赛亚军。