王阳明受过佛家思想的影响，他的宇宙观也属于一元论。他的所谓“良知”，是自然赋予每一个人的不可缺少的力量。它近似于我们常说的良心。但是良知并不能详尽知悉各种事物的形态功用，具有这种知悉作用的是“意念”。良知只是近似于意念的主宰者，可以立即对意念作出是非善恶的评判。
他的思想系统中还有一个主要方面，就是对因果关系的重视。在他看来，一件白的物体的白色乃是因，在观察者的心中产生了白色的感觉才是果。这种对因果关系的理解推导出了他的“知行合一”说。他认为，知识是一种决断，必定引起一种行动。一个人见到美色就发生爱慕，闻到臭味就发生厌恶，见和闻是“知”，爱慕和厌恶则为行；前者立即产生后者。所以，在王阳明看来，“致良知”是很简单的，人可以立时而且自然地“致良知”，但是不断地按照良知行事就很困难。这和孔子关于“仁”的学说颇为相似：凡人立志于仁就可以得到仁，但是每日每时都不违背仁，即在圣贤也不易做到。
王阳明并没有为真理而真理的倾向。和朱熹一样，他的目的也在于利用他的思想系统，去证实他从小接受的儒家教条，以求经世致用。他的方法较之朱熹更为直接，然而这里也埋伏着危险。如果一个人把王阳明的学说看成一种单纯的方法，施用于孔孟教条之前，就很可能发生耿定向所说的“未信先横”，以为自己的灵感可以为真理的主宰。其后果，则可以由于各人的个性和背景而趋向于泛主义、浪漫主义、个人主义、自由主义、实用主义，甚至无政府主义。这也就是王学的危险之所在。它存在着鼓励各人以自己的良心指导行动，而不顾习惯的道德标准这一趋向。
几个世纪以后，对李贽的缺点，很少有人指斥为过激，而是被认为缺乏前后一致的完整性。他的学说破坏性强而建设性弱。他没有能创造一种思想体系去代替正统的教条，原因不在于他缺乏决心和能力，而在于当时的社会不具备接受改造的条件。和别的思想家一样，当他发现自己的学说没有付诸实施的可能，他就只好把它美术化或秘化。
李贽的学说一半唯物，一半唯心，这在当时儒家的思想家中并非罕见。这种情形的产生，又可以追究到王阳明。
王阳明所使用的方法简单明白，不像朱熹那样的烦琐累赘。但是在他的体系里，还存在一些关键的问题，例如良知的内涵是什么？良知与意念的关系，是从属还是并行，是调和还是排斥？他应该直接的说良知是一种无法分析的灵感，有如人类为善的可能性属于生命中的奥妙。但是王阳明不如此直截了当。他又含糊地说，良知无善无恶，意念则有善有恶。这些问题，为他的入室弟子王畿作出断然的解答：一个人企图致良知，就应当摈绝意念。3理由是，人的肉体和思想，都处于一种流动的状态之下，等于一种幻影，没有绝对的真实性。所以，意念乃是枝节性的牵缠，良知则是永恒的、不借外力的存在。良知超越于各种性格，它的存在寓于无形，有如灵魂，既无年龄性别，也无籍贯个性，更不受生老病死的限制。按照王畿的解释，良知已不再是工具而成了目的，这在实际上已经越出了儒家伦理的范围，而跨进了释家学的领域。李贽在北京担任札部司务的时候，经常阅读王阳明和王畿的书，之后他又两度拜访王畿，面聆教益。他对王畿备加推崇，自称无岁不读王畿之书，亦无岁不谈王畿之学，后来又主持翻刻了王畿的《文抄录》，并且为之作序。
按照王畿的学说，一个人就理应集中他的意志，放弃或简化物质生活，避免环境的干扰，以达到无善无恶的至高境界。然则一切的真实性既然只存在于心中，则所谓放弃、简化与避免，也无须见诸行动，而只是存在于精之中。一个人不存在恶念，他就不会见恶闻恶，更彻底地说，就是世界上根本不存在恶。基于这种的立场和信念，李贽对耿定向的攻击不屑一顾。耿定向说他狎妓，李贽就承认他确实在麻城“出入于花街柳市之间”。但是这种世俗所认为不对的行为在无善无恶的领域中，不足成为指责的根本。在李贽看来，他的行为不过是佛家的“游戏三昧”，道家的“和光同尘”。因之他以“无善无恶”作为标帜，硬是不肯认错示弱，另一方面李贽则并不认为这种自由系每个人都能具有，而只是进入了无善无恶境界的优秀分子的特权。这种优越感，在他的著作中经常流露。
李贽又有他的另一面。当他说到“穿衣吃饭即是人伦物理”，他又站到了王艮这一边。王良是泰州学派的创始人，也是王阳明的信徒。很多历史学家认为，王良把王阳明的学说推广而成为“群众运动”，这可以算得是一种历史的误会。因为在明代社会里，并不存在以哲学领导群众运动的可能；如果存在这种可能，与之相联系的历史因素势必引起剧烈的变化，但事实上毫无这种迹象。然则王艮确实在比较广泛的范围里传播了王学，他所说的“百姓日用即道”、“百姓日用条理处，即是圣人之条理处”，又正是王学的发挥。因为王阳明的知行合一说，其宗旨在于知圣人之道，行圣人之志。李贽虽然渴望自由，然而他不能超然物外，对这样堂皇的旗号无动于衷。因此，以学术的流派而论，他始终被认为属于泰州学派。
在第三位姓王的影响之下，李贽重视物质，也重视功利。他仍然不断地提到“心”，但是这已经不是就地打滚、无美于中无丑于外的心，而是考虑到日常需要的心。因为自己有所需要，就推知别人也有同样的需要，这就是孟子所谓“他人有心，予忖度之”。在这些场合中，他的思想已经脱离了形而上学的挂碍，而是以日用常识作为基础。这种态度在他评论历史时尤为明显。
李贽的历史观大多符合于传统的看法，比如他确认王莽为“篡弑盗贼”，指斥张角为：‘妖贼”。在他看来，历史的治乱，既循环不断，又与“文”，“质”相关连。一代人君如果专注于“文”而使之臻于极致，则已经开了祸乱之基；反之，息乱创业之君，则专注于“质”，只求使百姓免于饥寒而不去顾及是否粗粝。这种认为文化与生活水平和国家安全不能相容的看法，是中国传统历史的产物，也是官僚政治的特点。李贽自然无法理解，用中央集权的方式，以为数众多的官僚治理亿万农民，就要求整齐划一、按部就班，不能鼓励特殊分子或特殊成分发展新的技术或创造新的法则。在他所处的时代，文官集团业已丧失了发展技术的可能，也没有对付新的历史问题的能力。社会物质文明（即李贽所谓“文”）往前发展，而国家的法律和组织机构不能随之而改进，势必发生动乱。受到时代的限制，李贽认为历史循环之无法避免，乃是命运的安排，几乎带有秘的力量，所以也不必再白费心力去寻找任何新的解决方案。这样来看，李贽的唯心论并不彻底，因为他承认了客观的真实性，治乱兴亡并不决定于人的主观，当然更不承认，所谓人心不在，治乱就不成其为治乱这样的理论了。
君主一生事业的成败既为历史循环的后果，李贽对于历代君主的评论，也只是着重在他们适应时代的识见和气魄。对于“天下之重”的责任，李贽则认为应该由宰辅大臣来承担。他所期望于大臣的，是他们的执政的功绩而不是道德的言辞。一个才卓识的人，在为公众的福利作出贡献的过程中，决不能过于爱惜声名，因而瞻前顾后，拘束了自己的行动。他可以忍辱负重，也可以不择手段以取得事业上的成功。这种舍小节而顾大局的做法被视为正当，其前提是以公众的利益为归依，而在论理上的解释则是公众道德不同于私人道德，目的纯正则不妨手段不纯。李贽在这些方面的看法，和欧洲哲学家马基雅弗利（mchve11）极其相似。
李贽重视历史上对财政经济问题有创造性的执政者。他推崇战国的李悝、汉代的桑弘羊、唐代的杨炎，但是对宋代的王安石却缺乏好感。这当然并非因为王安石在道德上遭到非议，而是因为他的才力不逮他的宏愿，“不知富强之术而必欲富强”。与上述的论点相联系，李贽更为大胆的结论是一个贪官可以为害至小，一个清官却可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞过于拘泥于传统的道德，只是“万年青草”，“可以做霜雪而不可以任栋梁者”。对于俞大猷和戚继光，李贽极为倾倒，赞扬说：“此二老者，固嘉、隆间赫赫著闻，而为千百世之人物者也。”在同时代的人物中，他最崇拜张居正，称之为“宰相之杰”，“胆如天大”。张居正死后遭到清算，李贽感到愤愤不平，写信给周思敬责备他不能主持公道，仗义执言，但求保全声名而有负于张居正对他的知遇。
李贽和耿定向的冲突，许多当代的哲学史家把原因归之于他们经济地位的不同。李贽属于地主阶级的下层，所以他对传统有反抗的倾向；耿定向是大地主，所以偏于保守。
这种论点缺乏事实的根据。耿家在黄安确实是有声望的家族，但是李贽的后半生，却一直依附于这样的家族而得以维持相当优裕的生活。他与耿定向决裂以后，随即投奔麻城周家，依靠周思敬和周思久。这周家作为地主望族，较之耿家毫无逊色，何况两家又是姻家世好。另外还有梅家，其社会地位也与耿、周二家相埒。当年麻城（黄安初属麻城，1563年始分治）士人进学中举，几乎为这三家包办。在麻城的时候，李贽还和梅国桢过从甚密，梅国桢后来为《焚书》写作了序言。在晚年，李贽又和槽运总督刘东星有极深的交往。刘东星为沁水人，不仅自己身居高位，而且把女儿嫁给山西阳城的大族王家，成了户部尚书王国光的姻亲。在盛名之下，甚至连亲藩沈王也对李贽感觉兴趣，邀请他去作客。李贽托言严冬不便就道，辞谢未赴。他的最后一位居停为马经纶。此人官居御史，家住通州，货财富有。他特意为李贽修造了一所“假年别馆”，并且拨出果园菜圃和另一块土地，雇人耕种，以收入作为其客居的供应之资。在李贽的朋辈之中，惟有焦坟家道清贫，但却无妨于这一家在上层社会中的地位。总之，李贽所交往的人都属于社会的上层，而且是这个阶层中的优秀分子。
李贽本人的著作以及有关他的传记资料，从来没有表示出他有参加任何群众运动的痕迹或者企图。他对于工业农业的技术改进和商业的经营管理都毫无兴趣。他的所谓“吃饭穿衣即是人伦物理”，不过是要求高级的官僚以其实际的政绩使百姓受惠，而不是去高谈虚伪的道德，崇尚烦琐的礼仪。但这并不表示李贽自己有意于实践，而只能表示他是一个提倡实践的理论家。至于他对女性的看法，也常常被后人误解。他不承认女性的天赋低劣，在他看来，历史上有一些特殊的女性甚至比男人还要能干，比如他就屡次称颂武则天为“好后”。但是赞扬有成就的女性，并不等于提倡男女平权，宣传妇女解放。一个明显的证据是李贽对寡妇的守节，其褒扬仍然不遗余力。2十分显然，李贽没有创造出一种自成体系的理论，他的片段式的言论，也常有前后矛盾的地方。读者很容易看出他所反对的事物，但不容易看出他所提倡的宗旨。
但是这种前后不一并不能算做李贽最大的缺点。有创造力的思想家，在以大刀阔斧的姿态立论的时候，也不是不能见到自相矛盾的地方。卢梭倡导的个人自由，在他的铺张解说之下，反而成了带有强迫性的为公众服务的精。李贽的这种矛盾，在古今中外并非罕见。