不消多说，组织上的低能必然造成装备上的落后。本朝并不完全缺乏这方面的能工巧匠，但是他们都被集中到皇城里，专门为皇帝的禁卫军制造精美的甲胄。一般的野战军只能眼用衬以小铁片的棉布祆，或者由纸筋搪塞而成的“纸甲”。至于士兵们使用的武器，也大多是由各地府县作为赋的一个部分制造缴送，质量既有欠精良，规格也谈不上标准化。
以上种种落后的情况，使本朝野战军的战斗力几乎与农村的民兵相去无几。与这种情况相一致的，是对于将领的选拔。在当权者看来，一个将领所应该具备的素质是勇敢粗豪而不在于头脑清晰。上文所提到的刘綎，外号人称“刘大刀”，根据夸大了的描写，他所用的镔铁大刀重12o斤，可以在马上“轮转如飞”。和刘綎同在辽东战役中牺牲的杜松更为粗蛮卤莽。他在作战时身先士卒，可是一旦战败，就会毁坏自己的兵器甲胄以发泄怒气，而且不断声称必须自杀或者落发为僧，毫无镇定从容的大将风度。因之，此人被努尔哈赤称为“杜疯子”。
军官的任命多数以“世荫”的形式而继承父业。任命的程序相当复杂，大致是高级将领的子孙需要降几级继承，下级军官则无须降级。从本朝中期开始，情况稍有改变，自兵部尚书刘大夏奏准推行武试，任何有志于成为军官的人只要考试及格就可以取得进身之阶。但事实上由考试及格充当军官并上升为高级将领的，可谓绝无仅有。而且这种武生的考试又重在刀枪弓马的是否娴熟，由文官主持的笔试，其要求不过是粗通文字而从未涉及军事科学。各处所开办的“武学”，也以儒家经典作为主要的讲授内容，其教学进度，以“每日总授不过二百字”为原则。
用这种方法培养出来的高级将领，几乎很少有人具备运筹帷幄的谋略。其实这也正是文官集团所预期的目的。将领既然大多属于一勇之夫，当然就有必要任用文官作为总督巡抚，让他们来指挥各级武官。在总督巡抚之下还有“兵备使”或“海防道”，他们名为监察，实则握有调度攻防的权力。在军政方面，人事的任免以及补给、交通各项也统统由文官主持。
这种军事体制的设计，显而易见，其重点不在于对付敌国的全面入侵，同时也不打算全面进攻敌国。发生在1449年号称“土木之变”的战役，正统皇帝为瓦刺所俘虏，已经暴露了军事体制中致命的弱点。然而这样震惊全国的事件仍然没有能够引起应有的重视与改革。武备继续废弛，军事组织不断衰退。文官们只要在他们的任期中保持平静无事，则一切有关军队改造的计划大可束之高阁。一直到16世纪中叶，倭寇的势力大张，不仅屡次攻破了被视为固若金汤的东南海防，而且长驱直入，视守军为无物，这才使中枢的文官惊醒，发现这低能的军事制度将要危及整个帝国以及他们个人的安全。穷则思变，改革已成为势所必然，而改革的初步，仍在于选择有创造精的高级将领，他必须在战略上深谋远虑，而又精通各种战术。
蹂躏东南沿海的倭寇不同于普通的海盗。海盗大多是乌合之众，只要抄掠财物的目的一经达到，随即呼啸而去。而倭寇则不然。他们登6以后通常要建立根据地，有时还围攻城池。其中的成员也并非全部来自日本，而常常混有不少的中国人。在一般情况下，中国人还在其中占有多数，而且可以担任高级头目。
倭寇入侵的原因，与国际贸易有不可分割的关系。本朝禁止民间的海运通商，虽然律有明文，但是实际上却无法彻底执行。东南沿海的走私贸易，由来已久，好多不同国籍的冒险家纷至沓来。这些冒险家所使用的船只，最大的长达1oo尺，宽达3o尺，船壳厚达7寸，超过了中国战舰的规模。据记载，在这些冒险家出没的极盛时期，每天有大小船只12oo余艘在中国海岸活动，数字似属夸大，但是利之所在，熙来攘往，已不在话下。
其贸易的区域从日本各岛至暹逻湾，状如一弯新月。在中国政府海上巡逻力量所不能达到的近6岛屿上，他们指定了走私贸易的港口。由于没有一个法庭可以解决买卖双方间合同和债权的种种纠纷，十多个有力量的中国船主以武力作为后盾充当了仲裁者，并因而逐渐被认为海上权威，成了海盗的头目。
这些海盗头目声威赫赫，和当地的士绅互相勾结，甚至结为婚姻之好。他们公然在沿海修理船只，而且勒令村民接受他们的传讯。这种海上权威虽然尚属萌芽，但任之滋长发育，则必然会威胁我们这个以农业经济为基础的政府。1海盗肆无忌惮的活动，迫使政府不得不采取强硬的对策。然而冲突一开，我们在政治和军事上的虚弱即暴露无遗。高级指挥官无法确知部下战士的实际数额，也弄不清究竟有多少战船可以调配使用。下级军官在部队出发之前先要向地方富户勒索兵饷给养。而一旦发生战斗，有的部队干脆望风而逃，有的部队虽然敢于迎战，但由于墨守密集队形的战术，往往造成“一人失利，万人奔溃”的后果。而可歌可泣的作战，却反而出现于仓猝集合的民兵以及各地生员所组织的保卫家乡之情景中。
在日本方面，充当海寇的武士，来自山口、丰后、大隅、萨摩、博多湾、对马和五岛列岛。他们既无统一的领导，也无长远的作战目的。起初，他们有一个空中楼阁式的希望，以为和中国海盗的联合军事行动可以迫使中国政府开放对外贸易，而他们中的领导人也可以受到招安而荣获海6军将领的官衔。这些希望在总督胡宗宪发动的一次行动之后终于成为泡影。胡宗宪以招安为诱饵，使这些海盗头目束手就擒，而后又把他们的头颅送到北京邀功。这种措置只能激趄日本的侵犯者更大规模的来犯，并且使今后的屡次入侵更缺乏政治意义，其惟一的目的只在于劫夺财货。
这些日本海寇虽然在上层缺乏统一的领导，但下层的组织力量则不可忽视。虽然是杀人越货，也表现了日本下层社会结构的严密性。据目击者记载，不论作战或宿营，倭寇的小头目对下级战士能施以极严格的纪律管制。各个小股部队战法一致，也表示了他们并非仓猝招募而来的雇佣兵。他们不断地以寡敌众，击败了数量上占优势的中国官军，而中国的农民造反，却大抵缺乏这种能力。
这些海寇乘坐可以装载百人左右的船只登6。大举入侵时，常常集结3o～5o艘船只，人数多达几千。在他们的凶焰最为高炽之际，可以有两万人据守占领区内的军事要地。本地的居民在威逼利诱之下也有不少人参与他们的行列，其中有的人在以后被押送至日本作为奴隶，他们劫掠的物品不限于金银珠宝，根据需要和可能，他们也夺取内河船只和其他商品。有一段记载提到他们曾大批搜集蚕茧并勒令妇女们缫丝。这种情况业已与占领军在当地组织生产没有多少差别。
在入侵的初期，他们几乎战无不胜，主要原因在于战术的优势和武器的精良。他们能极其娴熟地使用双刀，并且和近旁的伙伴保持密切的联系，互为呼应，协同作战。颇为特异的是，他们的指挥信号乃是班排长手中的折扇。当双方开始接触，班长排长把折扇往上一挥，他们的部下就以刀锋向上。当对方的注意力为这种动作所吸引，他们就突然倒转刀锋迎头砍下。这种双刀的长度不过5尺，但在一个熟练的使用者手中挥舞，一片刀光，使“上下四方尽白，不见其人”，可以在一丈八尺的方圆之内杀伤对方。其他常见的武器还有弓箭和标枪。据记载，“倭竹弓长八尺，以弓蹈其弰，立而发矢。……镞宽二寸，……近身而发，无不中者”，所掷的标枪“不露竿，突忽而掷，故不测”。至于火器，似乎并没有为他们所重视。虽然戚继光说过鸟铳由日本传来，但在记录上却看不到倭寇曾有效地使用这种武器。他们偶而使用的火炮，看来也是在中国俘获的战利品。
倭寇的基本战术是派遣3o人以下的小部队进入村落，这些小部队的进止必在严密的互相照顾之下。协同的信号是令人战栗的海螺声。这些入侵者善于使用当地的向导，并熟练地派遣尖兵和斥候，有层次地展开兵力，并以佯攻、驱使难民在队伍的前面等等方式，造成中国官军的扰乱和疑惑。中国官军根本无法对付这一套战术，即使是士气最为高昂的部队，他们的对策也不过是仅凭血气之勇猛冲敌阵，既无有效的队形，又缺乏侧翼和后续部队的接应，其经常遭到失败就为势所必然。南直隶和浙江两省，河流湖泊极多，官军溃退时有如狼奔豕突，被践踏或被挤落水致死者也为数累累。有一次总督胡宗宪也在败退之中彼推落水，几乎淹死。
除此以外，倭寇在和大部队官军遭遇时，还采取另一种战术，即先取守势以减杀官军的锐气，或者制造恐怖气氛使官军陷入心理上的劣势，然后待机出击。戚继光下面的一段记载可以作为说明：“余数年百战，但见诸贼据高临险，坐待我师，只至日暮，乘我情气冲出；或于收兵错杂，乘而追之。又能用乘锐气，盛以初锋。又其盔上怖以金银牛角之状，五色长丝，类如鬼，以骇士气。多执明镜，善磨刀枪，日中闪闪，以夺士目。故我兵持久，便为所怯。”
所以，总结以上的情况，不论官方文件如何强调这一战争是政府的官军围剿海贼，实际上却是中国的外行对付职业化的日本军人。