一个人突然失踪，当然会引起邻里的注意，事情就不可避免地被揭露。审案的县官以洞悉一切的姿态断定此案乃是因奸而致谋杀。死者的妻子与这位朋友必有奸情，不然，何以偏偏在这位随带仆从、远道而来的客人到达的那天，丈夫突然丧命？又何以兴高采烈地置酒相庆？理由既已如此充分，女人就被判凌迟处死，朋友作为奸夫理应斩决，姻兄参与密谋应被绞死。这件案子送交杭州府复审，审判官的结论中否定了奸情，认为确系殴斗致死，动手的人应按律处绞。本朝政府在法律技术上虽然远不能誉为精密周到，但在精上却对这类人命案件颇为重视。按照规定，这一案件要由北京的都察院、大理寺作出复核。审判者细核府、县两级审讯记录，发现了根本上的出入，乃再度发交邻近3个县的县令会审。这3位县令维持初审的判决。当这一批人犯送抵本省巡按使的公堂，被判凌迟罪的女人当堂哭诉喊冤。于是案件又送到海瑞那里作第六次的讯问。
海瑞的结论和杭州府审判官的结论完全相同。他的理由是这位妻子和他的丈夫生有二子一女，决不会如此忍心。而这位朋友家境并非富有，并且早已娶妻，假令女人确系谋死亲夫而企图再嫁，也只能成为此人的一名小妾。所以从情理而论，谋杀的动机是不能成立的。再则，既属伤天害理的谋杀，参与密谋的人自然是越少越好，又何必牵扯上这位朋友所携带的仆从？淳安县县令海瑞如何解释初审时的供辞？答案是：“皆是畏刑捏招，恍惚成狱，殊非情实。”1被迫退休回到原籍闲居，对海瑞来说，是一种难于忍受的痛苦。这位正直的官员，他毕生精之所寄，在于按照往圣先贤的训示，以全部的精力为国尽忠和为公众服务。现在，他已经面临着事业的终点，就再也没有任何东西足以填补他心灵上的缺陷。
他的故乡在南海之滨，和大6上一些人文荟萃的城市是两种截然不同的环境。在那些城市里，退职的官员可以寄情山水，以吟咏自娱，并且有诗人墨客时相过从。有的人可以出任书院的山长，以弘扬圣贤之道，造就下一代的人才来继续他的未竟之业。而在这天涯海角的琼州，没有小桥流水、荇藻游鱼的诗情画意，收入眼底的是单调一色的棕榈树和汹涌的海涛，吞噬人畜的鳄鱼是水中的霸主。海峡中时有海盗出没，五指山中的黎人则和汉人经常仇杀。
退隐在荒凉瘴疠之区，如果有一个美好的家庭生活，也许还多少能排遣这空虚和寂寞。然而海瑞没有能在这方面得到任何安慰。他曾经结过三次婚，又有两个小妾。他的第一位夫人在生了两个女儿以后因为和婆婆不和而被休。第二位夫人刚刚结婚一月，也由于同样的原因而逐出家门。第三位夫人则于1569年在极为可疑的情况下死去。第三位夫人和小妾一人先后生过三个儿子，但都不幸夭折。按照传统观念，不孝有三，无后为大，这是海瑞抱恨终天的憾事之一。
海瑞是忠臣，又是孝子。他3岁丧父，孀居的母亲忍受着极大的困难把他教养成人。她是他的抚养者，也是他的启蒙者。在海瑞没有投师就读以前，她就对他口授经书。所以，历史学家们认为海瑞的刚毅正直，其中就有着他母亲的影子。然而，同样为人所承认的是，海太夫人又是造成这个家庭中种种不幸事故的重要因素。当海瑞离开南直隶的时候，她已经度过了8o寿辰。而出人意外的是，海瑞的上司只是呈请皇帝给予她以四品夫人的头衔，而始终没有答应给她以另外一种应得的荣誉，即旌表为节妇，是不是因为她的个性过强，以致使他的儿子两次出妻？又是不是她需要对1569年的家庭悲剧承担责任？尽管今天已经缺乏实证的材料，但却有足够的迹象可以推想，由于海太夫人而引起的家庭纠纷，不仅已经成为政敌所攻讦的口实，也已为时论所不满。海瑞可以极容易地从伦常纲纪中找出为他母亲和他自己辩护的根据，然而这些根据却不会丝毫增加他家庭中的和睦与愉快。
离职的巡抚已经走到了生命中退无可退的最后据点。他必须忘却别人加之于他的侮辱，克服自己的寂寞和悲伤。他失望，然而没有绝望。他从孔子的训示中深深懂得，一个有教养的人必须抱有任重道远的决心。老骥伏枥，志在千里、他虽然闲居在贫瘠的乡村，屋子里挂着的立轴上，却仍然是“忠孝”二字。这是儒家伦理道德的核心，在他从小读书的时候已经深深地印刻在他的灵魂里，至今仍然用它来警惕自己，务使自己晚节保持完美。他的政治生涯，已经充分表示了为人臣者尽忠之不易；而他的家庭经历，也恰恰说明了为人子者尽孝的艰难。但是除此以外，他没有别的道路可走，我们的先儒从来就把人类分成君子和小人，前者具有高尚的道德教养，后者则近似于禽兽。这种单纯的思想，固然可以造成许多个人生活中的悲剧，可是也使我们的传统文化增添了永久的光辉。从海瑞家族的这个姓氏来看，很可能带有北方少数民族的血统，然则这位孔孟的真实信徒，在今天却以身体力行的榜样，把儒家的伟大显扬于这南海的尽头！
安贫乐道是君子的特征。家境的困窘过去既没有损害海瑞的节操，今天也决不再会因之而改变他的人生观。他有祖传的四十亩土地足供糊口，在乡居期间，他也接受过他的崇敬者的馈赠。他把这些馈赠用来周济清寒的族人和刊印书籍，自己的家庭生活则保持一贯的俭朴。
散文作家海瑞的作品表明，他单纯的思想不是得之于天赋，而是来自经常的、艰苦的自我修养。既已受到灵感的启发，他就加重了自我的道德责任；而这种道德责任，又需要更多的灵感才能承担肩负。如果不是这样，他坚持不懈的读书著作就会变得毫无意义。
他的作品中再三地阐明这种道德上的责任。一个君子何以有志于做官，海瑞的回答是无非出于恻隐和义愤。他看到别人的饥寒疾苦而引起同情，同时也看到别人被损害欺压而产主不平。在君子的精世界里，出仕做官仅仅是取得了为国家尽忠、为百姓办事的机会。一个人如果出于牟利，他可以选择别的职业，或为农，或为工，或为商。如果为士做官，则应当排除一切利己的动机。在这一点上，海瑞和创建本朝的洪武皇帝看法完全一致。海瑞在1585年被重新起用。他不加思索地接受这一任命，无疑是一个不幸的选择。这一次，他就真的走到了生命的终点和事业的最低点。当时张居正已经死后被清算，朝廷中的人事发生了一次大幅度的调整。海瑞虽然不是当面反对张居正的人，却为张居正所不喜，因而得以在反张的风潮中东山复起。然而，这位模范官僚的政治主张在15年前尚且窒碍难行，在这15年后又如何能畅通无阻？文渊阁大学士申时行以他的明智和通达，自然不难理解这一点。所以他在致海瑞的书信中说到“维公祖久居山林，于圣朝为阙典”，就含蓄地表示了这次起用只是俯顺舆情，需要这位享有声誉的直臣作为朝廷的点缀。这个时候的海瑞已经72岁，虽说锐气并没有消减，但多年的阅历却使他不再像当年那样乐观，当嘉靖年间他犯颜直谏的时候，曾经充满信心地鼓励皇帝，说朝政的革新，不过是“一振作间而已”。而现在；在他离开家乡以前，他给朋友的信上却忧心忡忡他说：“汉魏桓谓官女千数，其可损乎？厩马万匹，其可减乎”借古喻今，明显地影射当今的万历皇帝喜欢女色和驰射，而且对皇帝的是否能够改过毫无信心。
在起复之初，他的职务是南京右金都御史，不久升任南京吏部右恃郎。自从永乐皇帝迁都北京以后，这个名义上称为陪都的南京，除了正德皇帝一度在此驻跸以外，从来没有举行过全国性的大典。这里的各种中央机构，实际上等于官员俱乐部。他们的官俸微薄，公务又十分清闲，于是就殚思竭虑地设法增加额外收入。最常见的方法是利用职权，向市井商人勒索，其公行无忌有如抢劫。这种种怵田惊心的情形，使稍有良心的官员无不为之忧虑。
海瑞在1586年升任南京右都御史。在命令发布之前，他已经向万历提出了一个惹是生非的条陈。他提议，要杜绝官吏的贪污，除了采用重典以外别无他途。条陈中提到太祖皇帝当年的严刑峻法，凡贪赃在八十贯以上的官员都要处以剥皮实草的极刑。这一大于众怒的提议在文官中造成了一阵震动。谁知一波未平，一波又起。有一位御史在家里招了一班伶人排戏，海瑞得悉此事，就宣称按照洪武的祖制，这位御史理应受到杖责。其实这类事情在南京已属司空见惯，海瑞却以为有坏风俗人心而加以反对，结果只能被大众看成胶柱鼓瑟，不合乎时代的潮流。
海瑞的再度出山以及一如既往的言行，对当时的南京地区来说，有如一块巨石投进了一池死水。对他的批评和赞扬同时出现。不久，就有一位巡按南直隶的监察御史上疏参劾右都御史海瑞。下级监察官参劾上级监察官，虽不能说背于法制，毕竟是有逾常情。即此一端，就不难窥见反对者的愤慨。这位御史的奏疏一开始就对海瑞作了全盘否定：“莅官无一善状，惟务诈诞，矜己夸人，一言一论无不为士论所笑。”接着就采用莫须有的老办法，说海瑞以圣人自诩，奚落孔孟，蔑视天子。最后又用海瑞自己的话来说明他既骄且伪，说他被召复官，居然丝毫不作礼貌上的辞让，反而强调说他还要变卖产业，才能置备朝服官带。这位御史负有视察官学的职责，他在奏疏中说，如果学校中任何生员敢于按照海瑞的方式为人处事，他将立即停发此人的禀膳并加责打。
这种接近人身攻击的批评，立刻遭到无数青年学生和下级官僚的激烈反对。拥护者和反对者互相争辩，几乎一发而不可收拾。万历皇帝于是亲自作出结论：“海瑞屡经荐举，故特旨简用。近日条陈重刑之说，有乖政体，且指切朕躬，词多迂戆，朕已优容。”主管人事的吏部，对这一场争论也提出了自己的意见，说海瑞节操可风，只是近日关于剥皮实草的主张过于偏执，“不协于公论”，所以不宜让他出任要职，但可以继续保留都御史的职位。皇帝的朱批同意吏部的建议：“虽当局任事，恐非所长，而用以镇雅俗、励颓风，未为无补，合令本官照旧供职。”
这些文件由给事中官署抄录公布，就等于政府公开承认了自己的本身矛盾。为什么可以镇雅俗、励颓风的节操偏偏成为当局任事的障碍？可见我们帝国的政治措施至此已和立法精脱节，道德伦理是道德伦理，做事时则另有妙法。再要在阴阳之间找出一个折衷之点而为公众所接受，也就越来越困难了。
海瑞虽然被挽留供职，然而这些公开发表的文件却把他所能发挥的全部影响一扫而光。一位堂堂的台谏之臣被皇帝称为“迂戆”，只是由于圣度包容而未被去职，那他纵有真知卓见，他说的话哪里还能算数？由失望而终于绝望，都御史海瑞提出了7次辞呈，但每次都为御批所请不准。这一使各方面感到为难的纠结最终在上天的安排下得到解脱。接近1587年年底亦即万历十五年丁亥的岁暮，海瑞的死讯传出，无疑使北京负责人事的官员大大地松了一口气，因为他们再也用不着去为这位大众心目中的英雄——到处惹事生非的人物去操心作安排了。