这一次处理边境危机的经过，更清楚地阐释了我们帝国的特质，从此中看出：军事机构受文官控制不是没有理由的。边防需要作出全面计划和长久打算，动员的程度则既不可过低也不可过高。一般说来，全国的情况有千差万别，不容许中枢凡事过问。因之皇帝的领导多少带有抽象性，应当集中全力鼓舞臣工，而不必在每时每事上加以处处干预。然则在紧要关头，皇帝左右全局决定和战的领导力量，却又千万不能等闲视之。就在这燥热的159o年夏天，申时行因为有了万历皇帝的支持，终于避免了一场以国运为赌注的战争。这使他更进一步地体会到了本朝传统的优越性：让年轻的太子受傅于翰林学士，实在是高瞻远瞩。日后太子登极，翰林学士也被擢升，初为内阁中的副手，再遇机缘遂成首辅，这不仅保持了中枢人事的连续性，而且凭着老师和学生的亲切关系，可以使许多棘手的事情轻易而圆满地得到解决。
首辅和万历在159o年阳历 8月25日的谈话，是记录中的最后一次。表面上看来，师生君臣间的讨论似乎散漫无重点，而实际上申时行以极为谦卑的语调，达到了当面禀奏的目的。磋商的结果，所有的总督巡抚都供职如故，没有人因为这次边境出事而被撤职或受到其他处罚，这表明皇帝对边区各地方官的信任并未动摇；同时与俺答所订立的和平条约至此已2o年仍然有效，不因局部冲突而废止。首辅又提出，所有官军的防御不可松懈，并应对卜失兔和火落赤两部特别戒备。再之则建议派遣一个重要的文臣去各边区协调全部战略处置。这次在御前的谈话既经送交午门传抄公布，则中枢的决心已定，不容置喙。因之磨拳擦掌的主战派乃不得不稍事收敛。（详附录一）4天之后，原来掌管京军训练、带有兵部尚书衔的郑锥被派为北方各镇的经略。这时甘肃、青海边境的形势已经稳定，本朝的军队没有发动攻击，蒙古铁马大举内犯的可能性也没有成为现实。1591年初，郑锥乘卜失兔企图与火落赤会合的时候，突然袭击其侧翼，截获了大批牛羊和其他给养，同时又按照申时行“清野”的指示，让青海的很多回藏部落他移，并把蒙古人所建造的喇嘛庙和最近运来的木材付之一炬。很多草地也以“烧荒”的方式加以破坏。撦力克看到继续往西南移动没有前途，也就率领主力返回黄河东北。此后蒙古人还将与本朝的将士在各处作小规模的交锋，但是，合并长城以外各部并征服回藏以构成一个游牧民族大集团的计划，就只能永远放弃了。
首辅申时行的执政纪录相当复杂。他对边境问题的处理是否全部合适，即令时至今日，也不是易于判断的。但是有一件事情总应该提到，就在这1587年即万历十五年，辽东巡抚注意到一个建州酋长正在逐渐开拓疆土，吞并附近的部落。他觉察到养虎将要贻患，就派兵征讨，但是师出不利。他认为失败的原因，在其部下开原道参政不照命令行事，而坚持其个人改剿为抚的主张。巡抚参劾这参政的奏折一到北京，被参者反而取得到了京中监察官的同情，他们又出来参劾这位主剿的巡抚。申时行认为这完全是一件小事，不值得引起内外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面调停，建议皇帝视双方的互相参劾业已彼九此对消，也不再作是非可否的追究。于是这位酋长今后得以为所欲为，而且还能够继续利用本朝内外官员的不和来发展他自己的千秋大业，此是后话，也不在本书叙述范围之内。这位酋长并非别人，据当日记录称，他名叫努尔哈赤。若干年之后，他的庙号则为清太祖。
很多历史学家没有提到申时行和挎力克之间的这段纠葛，更想不到他和下一个王朝的创业人还有过这一段因缘。在历史学家看来，申时行一生做官执政的最大功罪都应以万历年间的立储问题为始终。
多数文官对申时行深感不满。最初万历皇帝起下了废长立幼的念头，就已经是不德不义了。申时行身居首辅，他自应以去职力争，不得已就应当以生死力争。他是第一个可以在御前说话的人。如果采取了这样坚决的态度，即使因此而去职甚至牺牲，他的继任者也会不得不仿效他的做法，加上廷臣的舆论又是如此一致，皇帝就会被迫接受公议，以后的僵局也就不会发生了。作这样评论的人完全忽略了申时行的性格和他的处世方针。正由于态度温和，申时行才获得皇帝的信任并建立了亲切的关系。多年来，这位首辅正是巧妙地利用这种关系，促使皇帝的一举一动接近于文官集团的期望。天子既要使用他人间的绝对权威而又不能掺进他个人的爱憎，这本来就不容易恰到好处，而要申时行采取硬性办法督促，事实上也是无法做到的。
指斥申时行有意让皇帝拖延立储的说法是毫无根据的。官方记录所载，还在常洵刚刚出生的时候，他就曾呈请皇帝早立常洛为太子。在问题刚刚露头的时候就以明确的方式提了出来，见微而知著，不可以不谓为远见卓识。立储问题会成为万历朝中的一大难关，申时行在受命册封郑氏为皇贵妃的时候可能就有所预感。他当时位居文臣之首，这隆重的册封仪式自然需要他的参加和领导。他和定国公徐文壁在御前接受了象征权力的“节”，在礼官乐师的簇拥之中向右顺门进发。主管的宦官在门口恭迎。他们两人以庄严稳重的态度把“节”、金印以及制册交付给宦官，然后再由宦官捧入宫中授与贵妃本人。这一套安排等于宣告于全国臣民，封妃的典礼既由朝廷中最高的文武官员主持，则被封的郑氏已非仅闺房之宠幸而实为国家机构中的一个正式成员。连带而及的则是皇贵妃的地位仅次于皇后而在其他妃嫔之上，那么来日她的儿子常询可能继承皇位，就不能说是全在廷臣预闻之外了。但是万历皇帝却坚决地否认这种关系。他说册妃与立储是两不相干的事。申时行在册妃之日，曾奉万历之命，作诗歌咏其事。诗中有云：“汉殿俱矜宠，秦台早得仙，今朝铱李赋，参和《小星》篇。他深感天子虽为天子，仍不免有闺房儿女之情，因之万历提及他和郑贵妃的关系（详附录二），申先生不置一辞。他还理解，皇帝仍然是一个有血有肉的“人”，也有他理智和感情的交战。关于立储一事，申时行自始至终主张忍耐，等待万历改变主意，他的皇上兼学生不是一个没有理智的人，假以时比他自己必然会对这问题找到合理的解决，而施加压力则于事无补。
日后事态的发展证明首辅的估计并不正确。时间并没有成为有利因素。他在文渊阁八年半的任期中，接触过各种复杂的人和事。他的“大事化小，小事化了”的办事方针，并不能永远做到弥患补阙，相反，有时造成的严重后果，竟会大大超出他的始料所及。
申时行在1583年担任首辅。开头的两年，他的前任张居正一案得到解决。这个问题一天不弄得水落石出，万历和他的老师就一天不知道彼此的真正意图。到了1585年，这一大案件才被彻底了结。于是此后有好几个月太平无事。到了1586年初，常洵出生，郑氏被册为皇贵妃，立储的争执已经肇始。但就在这前后，万历已经发现他想做的事情统统不能做到，于是他想励精图治的念头就一天天减退。随之而来的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字眼也越来越无忌讳。有一本奏折上说，如果皇帝不接受他的意见，天下臣民必将视之为无道，而列祖列宗也必将痛哭于九泉。皇帝刚刚批示说此人语无伦次，应当降级外调，另一个人跟着奏上一本，内称皇上的朱批不甚合适，那位进谏的人乃是忠臣，不但不应降级，而且应当表扬奖励，以表现虚怀纳谏的人君风度。这种“上下否隔”的情形既已开端，至1587年就更加恶化。
申时行是一个敏感的人，他具有窥测旁人心情的能力。他办事的原则基于对本朝政治制度的深刻了解。在这种特殊的制度之下，人君和人臣务必互相迁就互相让步。倘不如是，一方面坚持大义所在，丝毫不放松，则只有逼使对方采取消极态度。臣僚可以请求辞职，首先由个人“乞骸骨”而延及集体，如果被革职，反倒被视为荣誉；皇帝不能让位推贤，他所能采取的方式是怠工，即不出面主持礼仪，不见群臣。1587年，当首辅申时行还只是顾虑到有这种可能性时，万历的朝廷已经朝这个方向迈进了。
在这一年还未到岁暮之际，皇帝所使用监视内外的秘密警察遭到了攻击。东厂直属于司礼监，下辖锦衣卫，其秘密情报为皇帝处理政务所不可或缺。情报的内容非常广泛，包括市场上重要商品的价格、各个城门的进出人员和交通工具、北京市内火灾的情形等等，其中又万不可少的一部分，乃是从各处窃听得来的谈话。这种情报机关在本朝已有两百年的历史，早已成了政治体系中之一环。凭心而论，在本朝历史上，万历皇帝不能算是过分地运用厂卫钳制臣僚的君主。然则对百官来说，特务机构总是无形的枷锁；政治上的迫害先不说，即使“家中米盐猥事，宫中或传为笑谑”，也大大地损害了他们的自尊心。他们早想动手制裁厂卫而苦于没有找到恰当的机会。其后冲突的导火线出人意外。北京城在本朝为大兴、宛平两县所辑。是年任职的大兴县县令，因为一件小事责打了大常寺供奉祭把的乐舞生，而乐舞生有其不可侵犯的地方，责打他们，也就是蔑视祭祀大典。因之这个大兴县令被发交三法司审问。所谓三法司，即刑部、都察院和大理寺三个官署混合组成的法庭，通常只受理复审。这次所以破例，是由于太常寺提出了冒犯宗庙的重大罪状。文官们虽然觉得这罪状近于小题大做，但如果经过三法司这一机构审问，事情可以早日了结。
事情又牵涉到了东厂。东厂下设镇抚司，凡属触犯皇帝的案件和牵涉到官员们的刑事案件，这个镇抚司同样具有讯问以至拷打之权。当得知三法司已经受理大兴县令这一案，他们表示不再争执审讯权，只要求派出两名锦衣卫校尉出席旁听，以便把经过情况向皇帝报告。
刑部尚书李世达认为这一案件属于文官内部的纠纷，用不着东厂锦衣卫的干预。但是东厂提出要派两个校尉参加旁听，他又没有严辞拒绝，而只是托辞推倭，说什么人犯未齐，尚未审问。及至开庭审问之日，这两个校尉则给维持秩序的文官所阻挡，不得入内参与旁听。
如是情状据实报告到皇帝跟前，致使龙颜大怒。万历对于太常寺和大兴县的冲突并无兴趣，他所以震怒，乃是文官们拒绝校尉旁听，明明是故意和他过不去，因之已不能对此表示沉默。于是他一面让宦官口传圣旨向文渊阁提出质问，一面声称他要把这一案件移交东厂镇抚司审问。这时，首辅申时行又以和事佬的身分出现，劝说李世达向皇帝赔礼道歉。李世达照此办理，皇帝因而得以保全面子，取得了精胜利。可惜的是这精上的胜科维持的时间未免过短，几个月之后，文臣们又找到了管理东厂宦官张鲸的差错，群起而攻之。