此时，在柳成龙的弹劾下，北人党首领李山海背上了误国的罪名，从领议政的位置上被赶下来，而柳成龙，如愿以偿地坐上了领议政的位置。

柳成龙先以死保荐了李舜臣、权慄等曾经抵抗过女真部落的名将，让他们率领水陆大军阻挡日本的进击；其后，又保举了礼曹参判兼大提学李德馨，让他到前线去与日军和谈。

可惜，李德馨没有延缓日军侵略的步伐。日军稍事整顿，继续北进攻陷开城，朝鲜朝廷逃往平壤。

宣祖把责任全部推到了柳成龙的身上，在残余北人党和西人党分子的弹压之下，柳成龙引咎辞职，调任平安道观察使，受命与金诚一组织义军抵抗日本。

此时，西人党的首领尹斗寿被暂时请出来当了一段时间的领议政。不久，平壤也失陷，临海君被俘。

就这样，仅两个月零两天，朝鲜三都尽失，宣祖在西人党成员郑琢的帮助下带领朝廷众臣逃到了北方边境义州，派遣李德馨向明朝求救。

南人党的柳成龙通过战争掌握了兵权，他虽然被下放到外职，但以招募义军的能力取得了一定的兵权。

其次，朝鲜水军名将李舜臣率领的舰队多次袭击了日本舰队的补给线，立下了战功，那么推荐李舜臣的柳成龙自然又取得了法宝。

其三，派往明朝去求援的李德馨也是南人党的成员，随后到来的明朝援军也自然会站到柳成龙一边。

就在李山海、柳成龙被迫下台后，西人党趁着尹斗寿当上领议政的机会企图卷土重来，把原是东人党的南人和北人一举消灭。

明廷主战气氛高涨。明宗命宋应昌为经略，总领抗倭事宜；急调陕西总兵李如松入辽，为东征提督，总体负责军事。明朝从全国范围调集了四万精锐。这四万军队在宋应昌和李如松的率领下，浩浩荡荡地跨过了鸭绿江，开进了朝鲜。

李德馨作为明朝军队的接见官，很快就与李如松达成了政治上合作的默契。心理上先入为主的明朝军官们，很自然地开始在朝廷里支持起了南人党的势力。

此后，明军依靠着火力上的优势打败了日军，逼迫行长率军逃往了汉城。

明军的胜利大大助长了南人党在朝廷当中的气势。李德馨等亲明派的势力一下子就压倒了北人党和西人党。

在李如松等明朝将领的支持下，宣祖恢复了柳成龙的部分官职。

平壤之战结束十天后，李如松就乘胜进军，继而收复开城。朝鲜三都八道，已收复平壤、开城二都及黄海、平安、京畿、江原、咸境等五道。

李如松和柳成龙的联军继续向南开进，直迫汉城。虽然在之后的碧蹄馆之战中明军遭到了失败，但是随后的龙山大战，明军袭日军的粮仓，令日军惨败。

无奈之下，活动在朝鲜各地的日军主力重新集结，死守汉城。至此，中朝联军与日军进入了相持阶段，而朝鲜半岛上的军事格局也趋于稳定。

反击得手的李如松把他的势力重新伸回到了朝鲜的朝廷上。这时，李舜臣在海战中率领他的龟甲船舰队取得了一次又一次的胜利，柳成龙率领的军队也立下了赫赫战功。在李如松、李德馨等人的力保之下，宣祖再次任命柳成龙为领议政。南人党的许多成员也大批得到提拔，南人党的威势再次迈向巅峰。

然而，南人党的权势并没有一直持续下去。

明朝方面，由于朝中主和派的兵部尚书石星再次上台，加上李如松没有得到后续援军，因此无法进一步打击日军；朝鲜方面，由于南人党骨干成员金诚一的殉国以及北人党和西人党的势力重新集结，主张稳健政策的柳成龙等官员也不希望战事扩大。既然双方都不想打，那么就有了和谈的可能。

之后日军全部撤离汉城，除全罗和庆尚二道部分沿海地区外，其余各地全部被收复。

此时新一轮的党争又开始了，首先是西人党卷土重来，通过他们的多番活跃，令宣祖有了重新起用西人党要员的想法，比如郑澈就出乎意料地回到了朝廷。

宣祖决定派郑澈作为谢恩使出使明朝，而西人党正要抓住这个机会拉拢一下明朝。可是，面对西人党的态势，南人党是不会坐视不理的。当郑澈回国后，柳成龙等人就先后弹劾郑澈。迫于压力，郑澈只好辞职，寓居江华岛的松亭村，不久就去世了。

随着文禄之役的结束，朝鲜进入了短暂的和平时期。而朝廷的政局在被南人党掌控之后，也逐渐平稳。

认为大局已定的宣祖为了犒赏众臣，提拔了大批的官员。在北人党的多方努力下，北人党首领李山海重返朝廷，出任领敦宁府事兼大提学。

为了能把南人党给打倒，北人党试图抓住南人党的根基予以沉重打击。在明军主力撤出朝鲜后，支撑南人党的主要军事力量就是屡立战功的李舜臣领导的朝鲜水军了。因此，要除掉柳成龙，首先就要先把李舜臣给除掉。

不过，李舜臣毕竟是有过极高战功的功臣。当时朝鲜陆军大溃退，只有李舜臣的水军始终没让日军占到丝毫便宜，并多次阻击了日军的后方运输线。

为了能够成功打倒李舜臣，北人党拉拢了名将元均。元均与李舜臣之间，曾为了战功产生过巨大的分歧，北人党利用了这两人的私人矛盾来削弱南人党的力量。在北人党的支持下，元均上疏诬陷李舜臣在战时与日军有过勾结。

恰巧在这时，行长也闻听朝鲜内部对舜臣有所非议，于是在秀吉的授意下，派亲信窜到庆尚道右兵使金应瑞大营，称议和迟迟未定皆因清正从中作梗，并诈称清正即将出海，请水军在海上偷袭清正。

应瑞不敢耽搁，将情况上报，行长与清正不和，朝鲜人都知道，因此李昖便催促舜臣出兵，而舜臣却怀疑敌人使诈，徘徊数日，迟迟不肯出海。

这时，行长又派人送信，称清正已登岸，朝鲜却不出水军拦截，将罪责全都算到舜臣头上。

虽说李昖不相信李舜臣通敌，但由于李山海控制了言路，使得形势对李舜臣非常不利。

而就在这个时候，柳成龙考虑到大局初定，不想与北人党产生大规模冲突，因此弃车保帅，没有积极阻止北人党弹劾李舜臣。李舜臣也就被灌上了“莫须有”的罪名，遭到义禁府捉拿，而元均则成为了新的三道水军节制使。

就这样，延续百年的朝鲜党争终于将一代名将打造成了“韩版岳飞”，至于李舜臣会不会重演碧波亭的悲剧，后文自会见分晓。